これまでに80種以上の鳥がコタキナバルウェットランドでは記録されています。ここで見られる鳥の多くはサギのような水鳥です。 サギは６種類に区分されますが、ここでよく見られるサギは、ダイサギ、チュウサギ、コサギです。干潮時には泥の上を歩いているのが見られ、満潮時には柵の上にとまっているのを見ることができます。

水鳥以外にもホワイトカラー・キングフィッシャー、キングフィッシャー、ハト、ムクドリなどの森に暮らす鳥も見ることができます。シベリアや中国北部からの渡り鳥もいます。10月から４月の間にここを訪れると、コモン・サンドパイパー（イソシギ）、グリーンシャンク（アオアシシギ）、レッドシャンク、プローヴァー（チドリ）などを見ることができます。これらの渡り鳥が立ち寄れる場所の一つとしてこの生物たちの聖域を保全していくことが重要です。

マングローブの泥土には他にも多くの動物が生息していますが、実際に動物たちの食物は非常に豊富です。ティラピアは豊かな淡水に棲む魚で、汽水にも生息しています。干潮時に深く丸い穴が見える場合がありますが、その穴は雄ティラピアによる求愛活動と避難場所のために作られています。

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